همیشه برای پدر و مادرها این سؤال پیش می‌آید که نوزاد پسر را چه زمانی ختنه کنیم؟ باید بدانید که زودتر یا دیرتر انجام‌دادن ختنه هر کدام می‌تواند کاری اشتباه باشد. در ابتدا شرایط کودک توسط پزشک بررسی می‌گردد و زمان مناسب برای این عمل بررسی می‌شود. کودک بهدنیاآمده باید به شرایطی پایدار و باثباتی رسیده باشد و در سلامت کامل باشد. آلت تناسلی نوزاد بهدنیاآمده باید اندازه‌ای طبیعی داشته باشد و از نظر آناتومی در شرایط مناسبی قرار داشته باشد. در برخی از موارد توصیه می‌گردد که این عمل زودتر انجام شود. نوزادانی هستند که بزرگی کلیه دارند و یا بازگشت ادرار از مثانه به کلیه آن‌ها مشاهده می‌شود. این کودکان مستعد ابتلا به عفونت ادراری هستند و توصیه می‌شود در اولین فرصت مورد ختنه قرار گیرند.
اگر نوزادان بهدنیاآمده دارای آلت کوچک باشند و یا سوراخ آلت در جای نادرست قرار گرفته باشد، باید انجام ختنه به‌تعویق بیفتد. بهتر است بلافاصله و بعد از به‌دنیا‌آمدن ختنه صورت نگیرد و حداقل یک یا چند بار ادرار توسط کودک انجام شود تا مشکلات احتمالی شناسایی گردد و نحوه ادرار و حجم و فشار آن مورد بررسی قرار گیرد.
به‌طور کلی، توصیه شده است این عمل در دوران شیرخوارگی انجام شود. این ایام می‌تواند از بدو تولد تا ۱۲ ماهگی باشد. مزیت این ایام این است که پوست آلت تناسلی حالت نازک‌تری دارد و بهتر و راحت‌تر فرآیند انجام عمل و ترمیم آن انجام خواهد شد. کودک شیر‌خوار نیز احساس و خاطره درد نخواهد داشت.
در سنین بالاتر مخصوصاً بعد از ۳ سالگی ختنه می‌تواند اثرات منفی روحی روانی برای پسران داشته باشد و بهتر است در زمان شیرخوارگی این عمل انجام شود. البته ممکن است با نظر پزشک معالج انجام این کار با تأخیر انجام شود.
در این میان باورهای اعتقادی و فرهنگی هم دخیل است. بعضی از جوامع ختنه‌‌شدن را در روز هشتم مناسب می‌دانند و برخی دیگر ۴ هفته اول را برای ختنه توصیه می‌کنند.
